Bayraklı Höyüğü ve çevresi 19. yüzyıldan itibaren gezginler ve arkeologların ilgisini çekmiştir. 1930'lu yıllarda Helene Miltner ayaktaki kalıntıları bir makale olarak yayınlamıştır.

Yapılan sistematik ilk bilimsel çalışmalar ise, Ord. Prof. Dr. Ekrem Akurgal ve Prof. Dr. John M. Cook tarafından, Türk-İngiliz üyelerden oluşan bir ekip ile 1948-1951 yılları arasında  gerçekleştirilmiştir. İngiliz ekibi, II. Dünya Savaşı nedeniyle Yunanistan'da durdurduğu kazıların tekrar başlaması üzerine Türkiye'den ayrılmıştır. çeşitli imkansızlıklar nedeniyle bu tarihten sonra ara verilen kazılar, Prof Akurgal tarafından 1966 yılında tekrar başlatılmış ve bugüne kadar kesintisiz devam etmiştir. Smyrna Kazıları 1993 yılından itibaren Prof. Dr. Meral Akurgal'ın başkanlığında devam etmektedir.